Le prime notizie della chiesa di Sant’Apollinare in Vaglio risalgono al XIII secolo, quando dipendeva dalla pieve di Renno, come buona parte delle chiese della media vallata dello Scoltenna.
Il parroco don Leonardo Rossi iniziò la ricostruzione dell’edificio sacro nel 1629: le spese furono sostenute dalle comunità di Vaglio e Valdalbero, unite in una sola parrocchia.
Al Seicento risalgono due belle tele raffiguranti rispettivamente la Madonna del Rosario e l’Annunciazione, che originariamente erano le pale degli altari omonimi.
Il terreno proverbialmente franoso di questa vallata fece sì che, due secoli dopo, si dovesse ricostruire la chiesa, che minacciava rovina. L’impresa fu iniziata nel 1862 da don Domenico Martelli, che potè avviare materialmente il cantiere solo nel 1874 e morì tre anni dopo. Il successore don Giuseppe Mordini la portò a termine nel 1882.
La grande frana del 1901, che spazzò via buona parte del paese, distrusse la nuova chiesa, risparmiando solo una cappella del vicino cimitero, la cappella Carlotti, tuttora visibile, che funse da chiesa provvisoria, in attesa della costruzione di una baracca in legno.
Il patrimonio artistico della vecchia chiesa, ricoverato provvisoriamente in un fienile, fu in gran parte dato alle fiamme da uno squilibrato. Passarono ventisei anni e della ricostruzione della chiesa di Vaglio non si era ancora fatto nulla, quando giunse il nuovo parroco don Sanzio Barbieri, nel 1927. L’anno dopo pose la prima pietra della attuale chiesa, che fu terminata in quanto alle opere murarie nel 1935.
A causa della guerra d’Etiopia, di quella di Spagna, della seconda guerra mondiale e del difficile dopoguerra, la chiesa di Sant’Apollinare in Vaglio fu inaugurata solennemente solo nel 1956. Il campanile, del 1987, ospita un concerto di quattro campane della fonderia De Poli di Vittorio Veneto.
